Desinfektionsprincippet for natriumhypochlorit omfatter hovedsageligt tre aspekter:
Hypochlorsyrling dannes ved hydrolyse, og hypochlorsyrling nedbrydes yderligere for at danne ny økologisk ilt. Den stærke oxiderende egenskab af ny økologisk ilt denaturerer stoffer som proteiner på bakterier og vira og dræber derved patogene mikroorganismer.
Hypoklorsyre kan trænge ind i bakterier (vira) og reagere med organiske polymerer såsom bakterielle (virale) proteiner, nukleinsyrer og enzymer og derved dræbe patogene mikroorganismer.
Chloridionerne produceret af hypochlorsyre kan ændre det osmotiske tryk af bakterier og vira betydeligt, hvilket får deres celler til at miste aktivitet og dø.