Udover skadelige stoffer er der utallige bakterier og vira i spildevand. Derfor er klordesinfektion i vid udstrækning brugt til at dræbe bakterier og vira i vandet under spildevandsstadiet på postevands- og spildevandsrensningsanlæg.
Ved behandling af industrielt cirkulerende kølevand bruges klor også til at sterilisere og fjerne alger. I processen med kølevandscirkulation, på grund af fordampning af en del af vandet, koncentreres næringsstofferne i vandet, og bakterier og andre mikroorganismer vil formere sig i store mængder og let danne slimsnavs. For meget slimsnavs vil føre til rørblokering og korrosion.
Klorering involverer sædvanligvis indsprøjtning af klor i vand for at dræbe bakterier og andre mikroorganismer, normalt i flaske klor.
For at opretholde den bakteriedræbende effekt bør restklor altid holdes på {{0}}.5 ~ 1mg/L i det udledte vand og for enden af vandforsyningsnettet ved 0 0,05 ~ 0,1 mg/L.